NGS 服務

NGS 服務流程

服務種類		平台選擇
服務種類		Illumina	PacBio
全基因組定序服務 (WGS)	建議深度	30X	5-20X
	建庫定序規格	Shotgun library, 150PE	20kb library
	定序範圍	全基因組	全基因組
外顯子定序服務 (WES)	建議深度	100X (germline mutation) 200-300X (somatic mutation)	不建議
	建庫定序規格	使用Agilent SureSelect Human All Exon V6捕獲，150PE
	定序範圍	外顯子區域
目標區域定序服務 (Target Sequencing)	建議深度	> 500X	> 100X (依照實驗目的而定)
	建庫定序規格	利用PCR或Probe捕獲方式建庫，可搭配commercial Panel	利用PCR或Probe捕獲方式進行大片段建庫定序
	定序範圍	目標區域基因	目標區域基因 (適用於高多態性或低複雜度區域，如重複序列、HLA)

: 簡單基因組：一般指雜合率<0.5%，重複序列<50%，GC含量介於35%-65%間的二倍體物種。; 複雜基因組：一般指雜合率>0.5%，重複序列>50%，GC含量<35%或>65%的二倍體物種、或者為多倍體物種。

RNA產品項目	是否需參考序列	建議物種	定序平台	建議規格	說明
De novo Transcriptome	N	全物種	Illumina HiSeq/NovaSeq	150 PE >6 Gb output	Transcript de-novo Assembly、基因表現量分析、基因差異表現、基因功能的差異表現
Genome-guide Transcriptome	Y	需有完整性高的參考序列	Illumina HiSeq/NovaSeq	150 PE >6 Gb output	Genome-guide Transcript Assembly、基因表現量分析、基因差異表現、基因功能的差異表現 (需有 chromosome 等級以上 reference genome 及基因註解尤佳)
Iso-Seq	N	全物種	PacBio Sequel	SMRT Cell v3 LR >1 cell	Full-length transcript / isoform survey and discovery
Differential Gene Expression (DGE)	Y	模式生物	Illumina HiSeq/NovaSeq	150 PE >20 M reads	基因表現量分析、基因差異表現、基因功能的差異表現
Long non-coding RNA (LncRNA)	Y	模式生物	Illumina HiSeq/NovaSeq	150 PE >6 Gb output	Novel lncRNA identification、lncRNA expression profile、function of lncRNA
Small RNA	N*	模式生物*	Illumina NextSeq	75 SE >10 M reads	Novel miRNA identification、miRNA expression profile、differentially expressed miRNAs