基因組重定序服務 (Re-sequencing)

服務種類 平台選擇
Illumina PacBio
全基因組定序服務
(WGS)		 建議深度 30X 5-20X
建庫定序規格 Shotgun library, 150PE 20kb library
定序範圍 全基因組 全基因組
外顯子定序服務
(WES)		 建議深度 100X (germline mutation)
200-300X (somatic mutation)		 不建議
建庫定序規格 使用Agilent SureSelect Human All Exon V6捕獲，150PE
定序範圍 外顯子區域
目標區域定序服務
(Target Sequencing)		 建議深度 > 500X > 100X
(依照實驗目的而定)
建庫定序規格 利用PCR或Probe捕獲方式建庫，可搭配commercial Panel 利用PCR或Probe捕獲方式進行大片段建庫定序
定序範圍 目標區域基因 目標區域基因
(適用於高多態性或低複雜度區域，如重複序列、HLA)
 

基因組定序組裝服務 (de novo Assembly)

平台選擇 Illumina PacBio
動植物簡單基因組 不建議 40-50X
動植物複雜基因組 不建議 >70X
微生物 100X 100X
 
簡單基因組：一般指雜合率<0.5%，重複序列<50%，GC含量介於35%-65%間的二倍體物種。
複雜基因組：一般指雜合率>0.5%，重複序列>50%，GC含量<35%或>65%的二倍體物種、或者為多倍體物種。
 

RNA 定序服務

RNA產品項目 是否需
參考序列		 建議物種 定序平台 建議規格 說明
De novo Transcriptome N 全物種 Illumina
HiSeq/NovaSeq		 150 PE
>6 Gb output		 Transcript de-novo Assembly、基因表現量分析、基因差異表現、基因功能的差異表現
Genome-guide Transcriptome Y 需有完整性高的參考序列 Illumina
HiSeq/NovaSeq		 150 PE 
>6 Gb output		 Genome-guide Transcript Assembly、基因表現量分析、基因差異表現、基因功能的差異表現
(需有 chromosome 等級以上 reference genome 及基因註解尤佳)
Iso-Seq N 全物種 PacBio
Sequel		 SMRT Cell v3 LR
>1 cell		 Full-length transcript / isoform survey and discovery
Differential Gene Expression (DGE) Y 模式生物 Illumina
HiSeq/NovaSeq		 150 PE
>20 M reads		 基因表現量分析、基因差異表現、基因功能的差異表現
Long non-coding RNA (LncRNA) Y 模式生物 Illumina
HiSeq/NovaSeq		 150 PE
>6 Gb output		 Novel lncRNA identification、lncRNA expression profile、function of lncRNA
Small RNA N* 模式生物* Illumina
NextSeq		 75 SE
>10 M reads		 Novel miRNA identification、miRNA expression profile、differentially expressed miRNAs

 
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