NGS 服務

基因調控相關定序服務

NGS定序

介紹

服務項目:

  • Total RNA
  • mRNA
  • non-coding RNA
  • Transcriptome
  • DGE
  • LncRNA
  • small RNA
  • De Novo Transcriptome
  • Genome-guide Transcriptome
  • Iso-seq (Pac-Bio)

基因表達的產物 RNA

分子生物學的中心法則為「DNA 轉錄成 RNA,RNA 轉譯成蛋白質」,因此 RNA 就是基因表達 (Gene Expression) 的產物;以人類為例,基因體 (Genome) 約為 3 Gb,總共有 2 萬多個基因 (Gene),同一個基因在不同的器官和組織中,會有不同的基因表達量 (Gene Expression),產生不同 RNA 分子 (RNA transcript)。RNA 分子具有多樣性,例如 mRNA、lncRNA、small RNA、tRNA 和 rRNA 等,各自在細胞中扮演不同作用。

舉例來說:同樣具有分泌功能的胃壁細胞和淚腺細胞,胃壁細胞會分泌胃酸以消化分解食物,而眼睛淚腺細胞會分泌淚液而非胃酸! (相信大家不敢想像如果眼淚變成胃酸有多恐怖!)。其實淚腺細胞和胃壁細胞擁有相同的 DNA 和基因,但因為在兩種器官和組織中有著不同的基因調節 (Gene Regulation),轉錄出不同的 mRNA 分子,進而轉譯出不同蛋白質 (Protein),造就了截然不同的器官功能,胃執行消化功能,而眼睛能夠流淚,維持正常的生理機能。

 

隨著次世代基因定序 (NGS) 技術的發展,我們能夠對細胞內的 RNA 進行定序,以獲得某特定組織或器官在特定狀態下的基因表達,包括選擇性剪接的轉錄、轉錄後的修飾以及基因表現量改變等資訊,廣泛應用於基礎研究、臨床診斷、藥物研發、農業生技等範疇。

 

應用

 

  • 評估疾病狀態或用藥效果

      RNA-Seq 可以看到動態的基因表現狀況,可用來監測、診斷疾病的狀態,例如:

  1. 用藥前後的基因表現差異,投藥是否成功活化或抑制目標基因表現
  2. 基因融合 (Gene fusion) 相關疾病檢測與癌症分類:
    以急性骨髓白血病 (AML) 最具有代表性,其在 t(8;21)(q22;q22) translocation 造成 AML1-ETO 嵌合,造成 Transcripts 轉錄異常。
  3. 選擇性剪接 (Alternative splicing) 在發育疾病、神經退化疾病或是癌症的研究,例如乳癌的BRCA1/BRCA2。

 

  • 感染疾病的追蹤、診斷
  1. 研究 RNA 病毒分類、病毒基因體定序、傳播緣起、路徑與追蹤:
    由 RNA 病毒引起的傳染病,常見的有登革熱 (Dengue virus)、A 型肝炎 (hepatitis A virus, HAV)、B 型肝炎 (Hepatitis B virus, HBV),和在 2002-2003 年間流行的 SARS (SARS-CoV),以及 2019 年起擴展全球的武漢肺炎疫情 (COVID-19) 等。
  2. 細菌性感染的抗藥性偵測與診斷:
    例如肺結核病之病原 Mycobacterium tuberculosis 難以培養,利用 RNA-Seq 則可加速診斷。

 

  • 農業與畜牧業分子優良品系篩選
  1. 抗藥性、耐藥性、抗病、抗蟲害等特性篩選:
    可在表現型 (phenotype) 尚未展現時利用 RNA-Seq 先行偵測並篩選。
  2. 環境變化或實驗處理造成的基因表現差異,與其表現型之關聯研究。
  3. 用藥前後的基因表現差異,投藥是否成功活化或抑制目標基因表現。

 

服務項目

基米提供了 illumina 短讀長與 PacBio 長讀長兩種高通量定序平台,讓臨床醫師與科研人員可依照自己的實驗目的需求,選擇最適合的定序方案。RNA 產品分類如說明:

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