Active Motif 推出全新的 CUT&Tag-IT™  Assay Kit,可和 ChIP assay 一樣利用抗體抓出和感興趣的蛋白質結合的 DNA 片段,不同的是:

  1. CUT&Tag-IT™ 利用結合在抗體的 Tn5 transposase 酵素,剪出和蛋白質結合的 DNA 片段,並可直接完成後續 NGS Library 製備(如下圖)。
  2. 使用的細胞樣本是活細胞或核質分離後的細胞核,一般 ChIP assay 僅能使用甲醛 (formaldehyde) cross-link 後的組織或細胞,可大幅避免甲醛干擾的結果,更提升結果可信度。
  3. 可處理超低量樣本,一般 ChIP-seq assay 要使用 100-1000萬顆細胞;CUT&Tag-IT™ 僅需使用 5000 顆細胞 (部分文獻指出:一些組蛋白的結合可以在 60 顆細胞即可偵測)。文獻請點這裡
  4. 一般 ChIP assay 會搭配超音波來隨機剪切染色質,之後抗體會抓到不同長度(通常為幾百個鹼基對)的DNA。但是,使用 CUT&Tag-IT™,Tn5 transposase 只會在與蛋白質結合位點非常近的位置切割染色質,從而縮短了 DNA 定序的長度。與大多數ChIP-Seq分析相比,這允許較低的測序深度(2 million reads)來生成可靠的數據,並具有較低的背景訊號。

 

優點:

  • 僅需 5,000 顆細胞樣本
  • 完整的試劑組,具有易操作的 Protocol
  • 專為組蛋白和一些轉錄因子開發
  • 無需 ChIP-Seq 繁瑣且昂貴的步驟即可製備完成 NGS Library
  • 低背景訊號可有更低的定序深度
  • 無甲醛 cross-link 引起的誤差

 

操作手冊

 

CUT&Tag-IT™ Assay Kit (全新的 Protein-DNA Interaction 研究試劑,無縫接軌 NGS,完整探索所有片段)

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